Le 4 août 1914, la flotte marchande belge compte 132 unités de plus de 100 tonnes de jauge brute (dont 9 voiliers) propriété d’une vingtaine d’armements privés. Ces navires, en majorité non équipés de télégraphie sans fil, sont disséminés aux quatre coins du monde lors de l’invasion de la Belgique par les troupes allemandes. Les armateurs, devant l’avancée ennemie, transfèrent leur siège social en Angleterre et avec la garantie de l’Etat créent dès le 5 octobre 1914 une assurance mutuelle pour la couverture des risques de guerre. Les transports maritimes sont de plus en plus sollicités par une industrie décuplée par l’effort de guerre.

Le 4 février 1915, les Allemands décrètent la guerre sous-marine totale contre toute unité marchande naviguant dans les eaux britanniques. Les navires coulés sont en tel nombre (40 % de pertes), qu’ils ne sont qu’en partie remplacés. Il s’ensuit donc une hausse vertigineuse des coûts du transport maritime. Le gouvernement belge réquisitionne alors en juin 1915 vingt pour cent de la capacité de la flotte pour les chargements vitaux de l’armée et de la population, à un fret conventionné.

La Commission for Relief est créée le 1er février 1916 pour acheter et faire acheminer des vivres pour nourrir les populations des territoires occupés. Dans ce but, le gouvernement belge réquisitionne la flotte marchande et y ajoute des navires apportés par le nouveau Lloyd Royal Belge. La convention tarifaire de cette opération humanitaire s’établit au prix coûtant. Ces navires, malgré la protection des sauf-conduits allemands, sont parfois détruits. Un million et demi de tonnes, soit un tiers des vivres transportés dans le cadre de la Commission for ReIief est transporté par la flotte marchande belge.
En 1917, la guerre sous-marine illimitée allemande entraîne l’entrée en guerre des Etats-Unis. L’appui de la flotte marchande américaine, la mise en place dès le mois de mai du système de navigation en convois et le lancement presque journalier de nouveaux navires dans les chantiers navals européens et nord-américains décuplent les moyens de la marine marchande.

Au 11 novembre 1918, les pertes en vies humaines sous pavillon belge s’élèvent à 284 officiers et marins, auxquels il faut ajouter les 160 autres Belges disparus en mer sous pavillon allié.

Il y avait encore 12 voiliers en 1914, il n’en restera que 4 fin 1918 dont 2 voiliers-écoles. Les unités coulées seront remplacées par des navires plus modernes parmi lesquels 53 bateaux allemands attribués à la Belgique comme dédommagements de guerre.